Theo nhiều tài liệu ghi chép thì Chùa Hội Sơn ban đầu được một vị thiền sư có tên Long Khánh xây dựng để tu tập vào cuối thế kỷ thứ 18. Bởi vậy nên chùa còn có tên gọi khác là chùa Khánh Long. Mặc dù Chùa Hội Sơn đã có tuổi đời trên 200 năm trải qua vô số lần sửa chữa và xây dựng mới.
Chùa Hội Sơn còn là một di chỉ khảo cổ học thuộc nền văn hóa Đồng Nai, có niên đại khoảng 3.500 năm, ở vào thời đại kim khí đã được khảo cổ học chứng minh. Đây là một di chỉ nằm trên diện tích 18.000 m 2, trên thềm phù sa cổ có lớp đá ong dày 4 m, được phủ lên bởi một lớp đất mỏng… Vừa là một di tích khảo cổ học, vừa là một công trình có giá trị về mặt kiến trúc nghệ thuật, chùa Hội Sơn được Bộ Văn hóa xếp hạng là di tích kiến trúc nghệ thuật quốc gia theo Quyết định số 43-VH/QĐ ngày 7/1/1993.
Năm 2012, một trận hỏa hoạn đã thiêu rụi toàn bộ chính điện của chùa Hội Sơn, cùng với hàng chục pho tượng, hoành phi, liễn đối, bao lam. Hiện nay chùa còn giữ lại được một số tượng phật có niên đại từ thế kỷ 18, 19… Công tác nghiên cứu phục hồi cũng được Sở VH-TT TP.HCM thực hiện bằng việc phối hợp khai quật khảo cổ học và nghiên cứu tư liệu./.
Làng Việt